Sorge sulle rovine del tempio pagano di Saturno, e dall’anno 425 fu dedicata a S. Giovanni per ordine di Teodosio VI e Valentiniano III, che così disposero anche per altri templi pagani. Dal 1280 risulta tra le 24 parrocchie di Anagni. Rimasta vacante per lungo tempo, Benedetto XIII, in occasione della ricorrenza dell’Anno Santo 1725, concesse ai Chierici Regolari Minori la chiesa parrocchiale che dal secolo XVI aveva riunito in sé le due parrocchie soppresse di S. Benedetto e di S. Michele. I Chierici Regolari Minori, il 6 ottobre 1725, presero possesso della chiesa, la rifabbricarono quesi per intero, con la nuova facciata e annesso convento. La ricostruzione della Chiesa di S. Giovanni ebbe termine e fu consacrata il 5 settembre 1745 dal vescovo Bacchettoni, dedicata a S. Giovanni Evangelista e S. Benedetto. Nel 1888 per opera del vescovo Pietro Marchi è stata restaurata tutta la chiesa, come la vediamo attualmente, all’infuori del pavimento e degli altari che sono recenti.