La chiesa risale al XIII secolo ma venne retta dai Padri Conventuali solo a partire dal secolo XVI, quando si trasferirono all’interno della città, per ordine di Pio IV che volle ridurre Anagni in fortezza. Nel 1573 il card. Lomellino, vescovo di Anagni, concesse ai frati la chiesa che è oggi proporzionatamente grande, a tre navate con organo. L’attiguo convento fu sede dello studio di filosofia e di teologia per l’intero periodo che va dal 1700 al 1876, anno in cui per la soppressione statale fu ceduto al comune.